Le conseil médical est saisi en amont de la fin du congé pour raison de santé par le recteur, afin qu’il se prononce sur l’aptitude de l’élève fonctionnaire à reprendre ses fonctions à l’issue du congé. L’élève fonctionnaire déclaré inapte temporairement par le conseil médical à reprendre ses fonctions à l’expiration d’un congé pour raison de santé est placé en congé sans traitement pour une durée maximale d’un an renouvelable deux fois.
L’élève fonctionnaire reconnu définitivement inapte à reprendre ses fonctions à l’issue de ses droits à congé est licencié. L’académie transmet à la DGRH (B2-2) l’avis d’inaptitude totale et définitive accompagné de l’état récapitulatif des congés pour raison de santé. La décision de licenciement pour inaptitude physique relève du ministre.