La loi Fillon du 23 avril 2005 prévoit que le chef d’établissement propose un PPRE à tout élève qui risque de ne pas maîtriser les connaissances et les compétences indispensables à la fin du cycle. La circulaire du 25 août 2006 précise que les difficultés prises en compte sont prioritairement d’ordre scolaire, en français, mathématiques ou langue vivante, soit une partie seulement du socle commun de connaissance, de compétences et de culture que tous les jeunes sont censés acquérir avant la fin de la scolarité obligatoire.

L’élève en difficulté serait ainsi privé de l’ensemble de la culture scolaire. De plus, le sentiment de stigmatisation et de relégation risque de rendre plus difficile encore l’entrée dans les apprentissages.

Les PPRE ne sont pas financés de manière spécifique. Les moyens pour les mettre en place étaient donc jusqu’alors, souvent prélevés sur les 2 heures d’AP en sixième, la demi-heure non affectée du cycle central, ou les IDD, etc., ou renvoyés vers l’accompagnement éducatif.
Avec la réforme du collège, les PPRE seraient financés sur les marges des établissements. Ainsi, de nombreux PPRE se mettront en place sans financement, comme c’est parfois déjà le cas, venant alourdir un peu plus encore la charge de travail des personnels. Les PPRE visent essentiellement des notions de français ou de maths, et peuvent être assurés en sixième, « par un professeur des écoles ou par un enseignant spécialisé de la SEGPA ». Le document signé par l’élève et sa famille risque de rendre l’élève et sa famille qui n’aura pas atteint le niveau exigé responsable de son échec. Or, l’idée d’une remédiation par simple répétition, maintes fois explorée, a fait la preuve de son inefficacité en tant que solution globale à la grande difficulté scolaire.