Sa mission de suivi individuel et collectif des élèves amène le CPE à inscrire son action dans un cadre de travail en collaboration avec d’autres professionnels que les enseignants au sein des EPLE : Conseillers d’Orientation-psychologues, infirmières scolaires, assistant-e-s sociaux… Cette collaboration nécessite connaissance et respect des missions et attributions de chacun. La spécificité de ses missions fait du CPE un acteur pivot de la nécessaire prise en charge globale de l’élève, en particulier en situation difficile ou de handicap. Il contribue à une connaissance plus fine des problématiques familiales et aux actions de prévention et de résolution de la difficulté dans des cadres collectifs diversifiés  : commissions de suivi, cellules de veille… Au sein des ces équipes pluri-professionnelles le CPE vise à donner une cohérence éducative à l’action des différents intervenants. Cette posture le conduit souvent à être en première ligne pour la construction d’un lien de confiance des équipes avec les familles. Avec le professeur principal, il favorise le lien entre équipes éducative et pédagogique.

Commentaire du SNES : La principale difficulté rencontrée pour ce travail de collaboration autour de l’élève est celle d’équipes trop souvent incomplètes, la RGPP (Réforme générale des politiques publiques) ayant aggravé la pénurie de professionnels qualifiés dans de nombreux secteurs. Le recours à des personnels précaires à statuts divers a tenté de masquer ces manques, le recrutement de professionnels qualifiés pour couvrir les besoins éducatifs dans les EPLE est une nécessité. Ce travail en équipes pluriprofessionnelles nécessite aussi que des temps d’échange et de concertation soient intégrés au service, et pour les CPE inclus dans un emploi du temps établi sur 35 heures « toutes tâches confondues ». Pour le SNES-FSU, la pondération mise en place dans les REP+ est une reconnaissance du travail en équipe et devrait faciliter sa mise en œuvre, sous la responsabilité des équipes elles-mêmes.