Publié au Journal officiel le 31 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie en profondeur plusieurs règles relatives aux congés pour raisons de santé des agents publics.

Le texte transpose notamment dans la fonction publique plusieurs dispositions issues des nouvelles règles applicables aux arrêts de travail dans le régime général : certificat d’arrêt sécurisé, durée maximale des prescriptions, contrôles administratifs, nouvelles obligations pour les agents en arrêt.

Il apporte également plusieurs modifications au temps partiel pour raison thérapeutique (TPT) et crée de nouveaux dispositifs destinés à accompagner la reprise ou la reconversion professionnelle.

Pour le SNES-FSU, certaines évolutions peuvent constituer des simplifications administratives, mais elles s’inscrivent surtout dans une logique de renforcement du contrôle des personnels malades, alors que la priorité devrait être l’amélioration de la santé au travail, de la prévention et des conditions de travail.

1. Temps partiel thérapeutique : des délais et des refus encadrés

Depuis le 1er août 2026, la procédure de demande de temps partiel pour raison thérapeutique évolue :

• Lorsqu’une demande intervient à la suite d’un congé de longue maladie, d’un congé de longue durée, d’un CITIS ou d’une disponibilité pour raison de santé, l’administration doit prendre sa décision au plus tard au moment de la reprise.
• Dans les autres situations, elle dispose d’un délai maximal de 30 jours à compter de la réception de la demande. 
• Le TPT peut toujours être accordé pour une durée totale maximale d’un an.
• Les refus pour nécessité de service devront être motivés
  • C’est une évolution particulièrement importante :
    • Un refus doit désormais être motivé. Lorsque l’administration invoque les nécessités de la continuité et du fonctionnement du service, elle doit obligatoirement avoir un entretien préalable avec l’agent.e, qui peut être accompagné.e par la personne de son choix. 
    • Lorsque le refus repose sur un motif médical, l’avis préalable d’un médecin agréé est obligatoire. 

Notre avis

Alors qu’avant la publication de ce décret, les agent.es pouvaient être placé.es immédiatement en temps partiel thérapeutique pour une durée de trois mois, les nouvelles dispositions risquent de créer une situation paradoxale. Pendant le délai d’instruction de leur demande, les collègues pourraient être contraint.es de solliciter un arrêt maladie auprès de leur médecin, faute de pouvoir reprendre leur activité dans les conditions préconisées médicalement.

De plus le SNES-FSU sera particulièrement vigilant sur l’utilisation de la notion de « nécessité de service ». Voir notre article détaillé sur la notion de nécessité de service : cliquez ici

Le TPT est avant tout un dispositif médical de maintien ou de retour dans l’emploi. Il ne doit pas devenir une variable d’ajustement permettant à l’administration de refuser une reprise adaptée au seul motif du manque de personnels.

Un manque d’effectifs chronique ne peut pas être transformé en argument systématique contre les droits des personnels.

Nous revendiquons que tout refus soit réellement circonstancié, motivé et fondé sur des éléments objectifs permettant d’établir la réalité des contraintes invoquées.

2. Fin du contrôle médical systématique après trois mois de TPT

Le décret supprime l’ancien dispositif qui imposait un examen systématique par un médecin agréé lorsque l’agent demandait la prolongation de son TPT au-delà de trois mois.

Désormais, l’administration peut demander un examen médical à tout moment, y compris lors de la première demande, du renouvellement ou pendant le TPT. 

Si l’agent refuse le contrôle ou ne présente pas de justification, le TPT peut être refusé ou interrompu.

En revanche, lorsqu’un avis du médecin agréé est contesté devant le conseil médical, le TPT est maintenu jusqu’à l’avis de celui-ci. 

Notre avis :

La suppression du contrôle systématique après trois mois peut constituer une simplification bienvenue.

Mais le pouvoir de contrôle permanent donné à l’administration doit être strictement encadré.

Le SNES-FSU demande que les contrôles médicaux restent justifiés par la situation de l’agent et ne deviennent pas un outil de pression sur les personnels.

3. Arrêts maladie : un certificat médical désormais encadré

À compter du 1er septembre 2026, les arrêts de travail devront être établis selon les nouvelles modalités du Code de la sécurité sociale.

Le certificat doit notamment respecter les nouvelles règles applicables aux prescriptions d’arrêt.

Le décret introduit également la possibilité de dématérialiser l’avis d’arrêt de travail. 

Les nouvelles règles prévoient, en principe, une durée maximale de 31 jours pour une première prescription et de 62 jours pour une prolongation. Des dérogations médicales restent toutefois possibles lorsque l’état de santé le justifie. 

Notre avis :

Le SNES-FSU est opposé à toute logique conduisant à considérer l’arrêt maladie comme une simple variable de gestion.

La durée d’un arrêt doit rester déterminée par l’état de santé du patient et la décision du médecin, et non par des objectifs administratifs ou budgétaires.

Les personnels doivent pouvoir bénéficier d’une prise en charge médicale adaptée sans que des contraintes administratives viennent compliquer leur parcours de soins.

4. Renforcement des contrôles à domicile

Le décret introduit un contrôle administratif de l’arrêt de travail.

L’administration peut faire contrôler la présence du fonctionnaire à son domicile ou sur son lieu de repos lorsque les sorties ne sont pas autorisées, ou pendant les heures de présence obligatoire prévues par le Code de la sécurité sociale.

En cas d’absence injustifiée ou de refus du contrôle, le versement de la rémunération peut être interrompu jusqu’à la fin de l’arrêt. La période concernée continue néanmoins à être comptabilisée dans le congé en cours. 

Notre avis :

Nous contestons la logique de suspicion généralisée qui accompagne le renforcement des contrôles.

Le contrôle des arrêts maladie sera effectué par des personnes habilitées. Mais le décret laisse dans le flou leur statut, leur qualification, leur formation et les garanties dont elles devront disposer pour exercer cette mission. Pour le SNES-FSU, de telles précisions sont indispensables. Un contrôle susceptible d’entraîner une suspension de rémunération ne peut être confié à des intervenants dont les compétences, les responsabilités et les conditions d’intervention ne sont pas clairement définies.

Les arrêts maladie sont prescrits par des professionnels de santé. Les moyens consacrés au contrôle doivent d’abord être mobilisés pour améliorer la prévention, la médecine du travail et les conditions de reprise.

Nous revendiquons un véritable service de santé au travail, avec suffisamment de médecins du travail et de personnels de prévention pour accompagner les agents.

5. Une indemnité d’attente en fin de droits à congé maladie ordinaire

Lorsqu’un agent.e a épuisé ses droits à congé de maladie ordinaire et qu’iel est dans l’attente d’une décision le/la plaçant en congé de longue maladie ou en congé de longue durée, le maintien de sa situation est prolongé jusqu’à la décision de l’administration. 

Cette mesure vise à éviter une rupture de rémunération liée aux délais de traitement par le conseil médical.

Notre avis :

Cette mesure va dans le bon sens. Aucun agent ne doit subir une rupture de rémunération en raison des délais de fonctionnement de l’administration ou des conseils médicaux.

Nous demandons que les délais de traitement des dossiers soient fortement réduits et que l’agent soit protégé financièrement pendant toute la période d’instruction.

6. CLM et CLD : des renouvellements pouvant aller jusqu’à six mois

Le décret modifie également les modalités de renouvellement des congés de longue maladie et de longue durée.

Le CLM et le CLD peuvent désormais être accordés ou renouvelés dans la limite de six mois, sur présentation d’un avis d’arrêt de travail conforme aux nouvelles règles. 

Cette modification s’inscrit dans la nouvelle logique de prescription des arrêts de travail.

Notre avis :

Le SNES-FSU demande que cette évolution ne conduise pas à multiplier inutilement les démarches administratives pour les personnels atteints de pathologies lourdes.

La situation médicale de l’agent doit rester le seul critère déterminant de la durée de son congé.

7. Formation et bilan de compétences pendant un congé maladie

Le décret crée un nouveau droit particulièrement intéressant.

Un fonctionnaire bénéficiant d’un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut demander à commencer ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences, afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.

Cette possibilité est soumise à l’avis favorable du médecin agréé et l’administration doit se prononcer dans un délai de 30 jours. 

Ce dispositif est également étendu aux agent.es contractuel.les de l’État en congé de maladie, de grave maladie ou d’accident du travail/maladie professionnelle. 

Notre avis :

Le SNES-FSU considère que cette possibilité peut constituer une avancée.

Une formation pendant un congé maladie doit relever d’une démarche volontaire de l’agent et s’inscrire dans un véritable projet de maintien ou de retour dans l’emploi.

8. Préparer la reprise du travail : un dispositif à partir de 2028

À partir du 1er janvier 2028, lorsqu’une interruption de travail pour raison de santé dépasse 30 jours, le médecin agréé pourra, en lien avec le médecin traitant, saisir le médecin du travail afin de préparer les conditions de la reprise ou d’envisager des actions de formation.

L’agent.e sera assisté.e durant cette phase par une personne de son choix. 

Notre avis :

Cette disposition peut permettre d’améliorer les conditions de retour au travail.

Mais elle ne pourra être efficace que si la médecine du travail dispose des moyens humains nécessaires. Aujourd’hui, le manque de médecins du travail, de médecins agréés constitue déjà un obstacle majeur.

Le SNES-FSU revendique donc les recrutements nécessaires et un véritable accompagnement individualisé des personnels avant leur reprise.

9. Téléconsultation pour les examens des médecins agréés

Depuis le 1er août 2026, certains examens médicaux réalisés par les médecins agréés peuvent être effectués à distance, dans les conditions prévues par le Code de la santé publique. 

Cette possibilité concerne notamment les agents en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée.

Notre avis :

La télémédecine peut être utile lorsqu’elle évite un déplacement difficile notamment dans les déserts médicaux ou permet de réduire les délais.

Mais elle ne doit pas devenir un substitut à une véritable consultation médicale lorsque celle-ci est nécessaire.

10. Maintien des majorations outre-mer en CLM et CGM

Le décret apporte une précision concernant les agent.es de l’État affecté.s outre-mer.

Les majorations et indexations liées à l’affectation outre-mer sont désormais maintenues dans les mêmes proportions que le traitement pendant le congé de longue maladie ou le congé de grave maladie. 

Cette disposition s’applique aux rémunérations dues à compter du 1er septembre 2026. 

Notre avis :

Le SNES-FSU demande que les personnels ultramarins bénéficient d’une protection sociale équivalente à celle des autres agents de l’État, sans perte de rémunération lorsqu’ils sont confrontés à la maladie.

11. Contractuels : des dispositions spécifiques

Les agent.es contractuel.les de l’État sont directement concerné.es par le décret.

Le congé de grave maladie est désormais accordé ou renouvelé selon les mêmes modalités que le CLM des fonctionnaires de l’État. 

Pour les congés de maladie, de grave maladie, d’accident du travail ou de maladie professionnelle, un contrôle du médecin agréé peut être effectué à tout moment. L’agent.e contractuel.le doit se soumettre à ce contrôle, sous peine d’interruption du versement de sa rémunération.

Les contractuel.les bénéficient également :

• des nouvelles règles concernant les certificats médicaux ;
• du contrôle possible par un médecin agréé ;
• de la possibilité de formation ou de bilan de compétences pendant certains congés ;
• de la possibilité d’examens médicaux à distance ;
• de l’application de nouvelles règles concernant le temps partiel thérapeutique. Notamment la demande de temps partiel thérapeutique est maintenant identique à celle des titulaires.

Le décret élargit par ailleurs le champ de la subrogation des indemnités journalières de Sécurité sociale, notamment au temps partiel thérapeutique des agent.es concerné.es. 

Notre avis :

Le SNES-FSU considère que les contractuel.les doivent bénéficier d’une protection sociale équivalente à celle des fonctionnaires.

La multiplication des statuts ne doit pas conduire à une protection à plusieurs vitesses.

Nous demandons notamment :

• la pleine mise en œuvre de la subrogation ;
• la sécurisation des rémunérations ;
• la fin des situations dans lesquelles les personnels doivent avancer ou rembourser des indemnités liées à leur maladie.

Un décret qui renforce surtout le contrôle des agents

D’un côté, le gouvernement affirme vouloir favoriser le maintien dans l’emploi et de l’autre il renforce simultanément les contrôles administratifs, les obligations pesant sur les agents malades et les procédures de contrôle médical.

Pour le SNES-FSU, la priorité doit être inversée. Il faut agir sur les causes de l’augmentation des arrêts notamment les conditions de travail, les suppressions de postes, les effectifs insuffisants et la dégradation de la santé au travail.

Nous revendiquons pour cela une véritable politique de prévention de la santé au travail, avec des moyens humains à la hauteur des besoins permettant un suivi réel des personnels.

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